Era profesional1948-1949

En 1948, con el nombre de Atlético Junior participa en el primer torneo del Fútbol Profesional Colombiano de la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor), quedando subcampeón con cuatro puntos por debajo del Santa Fe.[1] En ese entonces el equipo era conocido como los Miuras.

En 1949 es requerido por la Adefutbol para participar representando a Colombia en el Torneo Suramericano de Río de Janeiro, Brasil, siendo sancionado por la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) por dos años, rompiéndose las relaciones entre la Dimayor y la Adefutbol. En el Torneo Suramericano jugó, como Selección Colombia, contra Paraguay (perdiendo 3-0), Perú (perdiendo 4-0), Brasil (perdiendo 5-0), Chile (empatando 1-1), Uruguay (empatando 2-2), Ecuador (perdiendo 4-1) y Bolivia (perdiendo 4-0). Al final del torneo, terminó último con 2 puntos, los mismos de Ecuador.

1950-1953 Junior regresa a la Dimayor en 1950 teniendo entre sus jugadores a Heleno da Freitas. Al final del torneo queda 8º con 31 puntos.[4] En 1951 llegan Efraín "El Caimán" Sánchez y Tim. Terminan octavos con 36 puntos. Al final del año saldrían del equipo Efraín "El Caimán" Sánchez, Helenio Da Freitas y Tim.[5] En 1952, sin sus grandes estrellas brasileñas y el gran portero colombiano, Junior terminó sexto en el torneo con 33 puntos.[6] En 1953 terminan 10 del campeonato con 15 puntos.[7] También afrontan una grave crisis económica que lo obliga a retirarse de la Dimayor, pasando a participar durante 13 años del torneo aficionado de la liga departamental, desapareciendo del profesionalismo colombiano