1990-1999

En 1990 llegan el arquero colombiano José María Pazo, Víctor Danilo Pacheco y Oswaldo Mackenzie. En el Torneo Apertura, Junior queda sexto con 13 puntos. En el Torneo Finalización, Junior termina 13 con 18 puntos. En la Reclasificación, Junior termina 12 con 31 puntos, quedando eliminado de los Grupos Semifinales.[31] A final de año se marcha del equipo Miguel "El Niche" Guerrero.

En 1991 llega al equipo el volante paraguayo Javier Ferreira. En el Apertura, Junior termina quinto con 14 puntos. En el Torneo Finalización, Junior termina líder con 40 puntos (2 más que su perseguidor Deportes Qunidío). En la Reclasificación, Junior termina primero con 54 puntos (3 de ventaja sobre el segundo Deportes Quindío), obteniendo una bonificación de 1 punto y clasificando a los Grupos Semifinales. En los Grupos Semifinales, Junior queda ubicado en el grupo A junto a Atlético Nacional, Millonarios y Medellín. Junior termina segundo con 8 puntos (0,25 menos que el líder Atlético Nacional). Sin embargo Junior clasifica al Grupo Final donde enfrenta a Nacional, América de Cali e Independiente Santa Fe. Junior termina tercero con 6 puntos. Junior clasifica a su primera Copa Conmebol. Iván René Valenciano termina como goleador con 23 goles.[32] A final de año se marchan Oswaldo Mackenzie y Alexis Mendoza.
En 1992 llega al equipo el goleador Arnoldo Iguarán. Junior participa en su primera Copa Conmebol. En este torneo jugó los octavos de final contra Sport Marítimo de Venezuela venciéndolo 6-0 en Barranquilla y 1-0 en Caracas para un marcador global de 7-0. En los Cuartos de Final, Junior se enfrenta al Atlético Mineiro de Brasil empatando 2-2 en Barranquilla y perdiendo 3-0 en Belo Horizonte quedando eliminado de la competición. En el Torneo Apertura colombiano, Junior queda ubicado en el grupo A terminando quinto con 16 puntos. En el Torneo Finalización, Junior queda segundo con 38 puntos (3 menos que el líder América de Cali). Junior gana una bonificación de 0,75 puntos. En la Reclasificación, Junior terminó cuarto con 54 puntos, clasificando Junior a los Grupos Semifinales. En los Grupos Semifinales, Junior queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Atlético Bucaramanga y Millonarios. Junior termina segundo con 8,75 puntos (0,25 menos que el líder Deportivo Cali) clasificando Junior al Grupo Final. En el Grupo Final, Junior enfrenta a América, Nacional y Cali terminando cuarto con 0,75 puntos.[33] Al final de esta temporada salen el volante paraguayo Javier Ferreira y Arnoldo Iguarán.
En 1993 vuelven Alexis Mendoza, Miguel "Niche" Guerrero y Oswaldo Mackenzie. Llegan por primera vez Jorge Bolaño y el máximo ídolo en la historia del equipo[cita requerida] y mejor jugador colombiano de la historia:[34] Carlos "El Pibe" Valderrama. En el Torneo Apertura, Junior queda líder del grupo B con 21 puntos (5 más que el segundo Atlético Nacional) clasificando a los Cuadrangulares Finales. En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 35 puntos (4 menos que el líder Independiente Medellín). De bonificación de los dos torneos, Junior recibió 1,50 puntos. En los Cuadrangulares Finales, Junior queda en el grupo A junto a Atléitco Nacional, Millonarios y Once Caldas. Junior queda segundo con los mismos puntos que el líder Atlético Nacional (8,50 puntos). En el Cuadrangular Final, Junior queda líder con 7 puntos (los mismos que el Independiente Medellín). Miguel Angel "El Niche" Guerrero queda goleador con 34 goles.[35] Junior clasifica a su quinta Copa Libertadores y gana por tercera vez el campeonato colombiano.

En 1994 llega el delantero chileno Cristian Montesinos. Junior participa en su quinta Copa Libertadores. Quedó ubicado en el grupo 1 junto a Independiente Medellín, Olimpia de Paraguay y Cerro Porteño de Paraguay. Termina tercero del grupo con 5 puntos. En los Octavos de Final se enfrenta con el Colo-Colo de Chile, terminando en un resultado global 3-3. En los penaltis, Junior ganó 4-3. En los Cuartos de Final, Junior se enfrentó a Independiente Medellín ganando 2-0. En las Semifinales, enfrenta al club argentino Vélez Sársfield. Cada equipo gana un partido 2-1 por lo que el resultado global termina 3-3. Al final, en los penaltis, Junior fue vencido 5-4 quedando eliminado del torneo. En el torneo colombiano, Junior queda décimo del Apertura con 15 puntos. En el Finalización, Junior queda cuarto con 35 puntos, ganando 0,25 puntos de bonificación y clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior queda en el grupo B, junto a América de Cali, Millonarios y Once Caldas. Junior termina tercero con 5,25 puntos.[36] A final de año sale del equipo Miguel Angel "El Niche" Guerrero.
En 1995 queda campeón de Torneo Colombiano con 62 puntos (2 más que el subcampeón América de Cali. Así, Junior gana por cuarta vez el campeonato colombiano y clasifica a su sexta Copa Libertadores. Iván René Valenciano es goleador con 24 goles.[37]
En 1996 participa en su sexta Copa Libertadores, quedando en el grupo 3 junto a América de Cali, San José de Bolivia y Guabirá de Bolivia. Terminó segundo del grupo, 2 puntos por debajo de América de Cali. En Octavos de Final se enfrentó a Cerro Porteño de Paraguay ganando por un resultado global de 1-0. En los Cuartos de Final, se enfrentó con el América de Cali, quedando eliminado con un resultado global de 2-1. En el Torneo Apertura 1995/96, Junior queda ubicado en el grupo B, donde termina tercero con 25 puntos. En la Copa Mustang II, Junior termina octavo con 39 puntos. En la Reclasificación, Junior termina octavo con 64 puntos. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior queda ubicado en el grupo B junto a Millonarios, Nacional y Tolima. Junior termina último con 7 puntos quedando eliminado del torneo. Iván René Valenciano es goleador con 36 goles.[38] Al final del año salen jugadores importantes como Carlos Valderrama y Cristian Montesinos.

En 1997 participa en la Copa Internacional Reebok, participando junto a equipos como Borussia Mönchengladbach de Alemania, Necaxa de México y Palmeiras de Brasil resultando campeón al empatar 2-2 con Palmeiras y vencerlo en los penales y en la final vencer 2-0 a Borussia Mönchengladbach.[39] En el Torneo Apertura 1996/97, Junior queda cuarto con 48 puntos, recibiendo una bonificación de 0,25 puntos para la reclasificación. En el Finalización, Junior termina sexto del grupo B. En la Reclasificación, Junior termina séptimo con 65,25 puntos quedando eliminado del torneo.[40] Al final del año salen del equipo José María Pazo y Oswaldo Mackenzie.

En el Torneo Apertura de 1998, Junior termina séptimo con 55 puntos. En los Cuadrangulares comparte el grupo D junto a Atlético Bucaramanga, Asociación Deportiva Unión Magdalena y Deportivo Unicosta. Junior termina de líder con 14 puntos (2 más que el segundo Bucaramanga. En el Torneo Finalización, Junior quedó en el grupo A, terminando séptimo con 11 puntos. En la Reclasificación, Junior termina 14 con 66 puntos, quedando eliminado del torneo.[41] A final de año sale Alexis Mendoza.En 1999 vuelve el arquero José María Pazo y llega Hayder Palacio. En el Torneo Apertura, Junior termina cuarto con 34 puntos. En el Torneo Finalización, Junior termina tercero con 35 puntos. Junior clasifica a los Cuadrangulares, quedando en el Grupo B junto a Atlético Nacional, Cortulúa y Deportivo Pasto. Junior termina segundo con 10 puntos (a 5 del líder Atlético Nacional). Junior clasifica a su séptima Copa Libertadores. A final de año salen Iván René Valenciano, Víctor Danilo Pacheco, José María Pazo y Jorge Bolaño