1980-1989

En 1980 vuelve el arquero argentino Juan Carlos Delmenico. En el campeonato colombiano, Junior termina líder del Torneo Apertura con 35 puntos, con los mismos puntos del segundo (Deportivo Cali). Junior y Deportivo Cali clasificaron a los Cuadrangulares Semifinales. En el Torneo Finalización, Junior queda último del grupo A con 10 puntos. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior terminó líder del grupo B con 8 puntos, 1 más que el segundo Atlético Nacional, clasificando al Cuadrangular Final, en donde enfrentaría a Atlético Nacional, Deportivo Cali y América de Cali. Junior queda campeón al no perder ningún partido en el Cuadrangular Final y cosechar 9 puntos, sacándole 2 de ventaja al Deportivo Cali que quedó subcampeón con 7 puntos. Junior así conseguía su segunda estrella y su tercera clasificación a Copa Libertadores.22
En 1981, Junior participa en su tercera Copa Libertadores. Queda ubicado en el grupo 1 junto a Rosario Central, Deportivo Cali y River Plate. Junior queda eliminado en la fase de grupos al quedar cuarto. En el campeonato colombiano, Junior termina 12 del Torneo Apertura con 21 puntos. En el Torneo Finalización "Chalela y Chalela", Junior termina segundo del grupo B con 24 puntos, a 3 del líder Deportes Tolima, clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. Junior queda ubicado en el grupo A de los Cuadrangulares Semifinales, compartiendo el primer lugar con el América de Cali con 9 puntos, clasificando ambos equipos al Cuadrangular Final. En el Cuadrangular Final, Junior enfrentó a América de Cali, Deportes Tolima y Atlético Nacional. Junior termina cuarto con 5 puntos.23 Al final de este año se marchan del equipo Jesus "Toto" Rubio, el arquero argentino Juan Carlos Delmenico y el defensa Gabriel Berdugo.
En 1982 llegan al equipo los defensas argentino Edgardo Bauza y colombiano Alexis Mendoza. En el Torneo Apertura, Junior termina 11 con 22 puntos. En el Torneo Finalización, queda tercero en el grupo B con 27 puntos, clasificando al Octagonal Final. En el octagonal, Junior termina último con 11 puntos.24
En 1983 llega al equipo Didí Alex Valderrama. En la Copa de la Paz, Junior termina líder del grupo B con 20 puntos sacándole 2 puntos mas al segundo, Millonarios, clasificando a la Serie Extra para enfrentar a Once Caldas. Junior pierde un partido y empata el otro en la Serie Extra obteniendo una bonificación de 0,75 puntos y clasificando al Octagonal Final. En el Torneo Nacional, Junior termina cuarto con 34 puntos obteniendo una bonificación de 0,25 puntos. En el Octagonal Final, Junior termina segundo con 19 puntos, solo 0,75 puntos por debajo del campeón América de Cali.25 Junior así obtenía su tercer subcampeonato y su cuarta clasificación a Copa Libertadores.
En 1984 llega al equipo el marcador colombiano Leonel Álvarez (solo por ese año). De pretemporada, Junior participa en el torneo internacional amistoso Copa Ciudad de San Cristobal, enfrentándose a Deportivo Táchira, Atlético San Cristóbal (ambos de Venezuela) y Deportivo Municipal de Perú. Junior gana el torneo al empatar 1-1 con Deportivo Municipal y vencer 1-0 al anfitrión Atlético San Cristobal y 2-1 al Deportivo Táchira. Termina líder con 5 puntos, superando por 1 punto al Deportivo Táchira. Junior participa en su cuarta Copa Libertadores, quedando ubicado en el grupo 3 junto a Santos de Brasil, América de Cali y Flamengo de Brasil. Junior queda eliminado en la fase de grupos, quedando tercero con 4 puntos. En el torneo doméstico, Junior termina líder del grupo A de la Copa de la Paz con 22 puntos (2 más que el segundo Atlético Nacional), enfrentándose a América de Cali en la Serie Extra y clasificando al Octagonal Final. Con el América de Cali pierde los dos partidos, ganando de bonificación 0,75 puntos. En el Torneo Nacional, Junior termina tercero con 31 puntos ganando una bonificación de 0,50 puntos. En el Octagonal Final, Junior termina quinto con 14,25 puntos.26
En 1985 se marcha el defensa argentino Edgardo Bauza. En la Copa de la Paz, Junior queda líder del grupo B con 20 (con 2 puntos de ventaja sobre el segundo América de Cali), clasificando a la Serie Extra y al Octagonal Final. En la Serie Extra, Junior enfrenta a Medellín venciéndolo en un juego y empatandole en el otro, superándolo y ganando una bonificación de 1 punto. En el Torneo Nacional, Junior termina 11 con 22 puntos. En el Octagonal Final termina cuarto con 17 puntos.27
En 1986 se muda de estadio, del viejo Romelio Martínez al gran Metropolitano. El primer partido jugado en este estadio fue contra la selección de Uruguay. También este año llega el volante peruano Julio Cesar "El Emperador" Uribe, solamente para ese año. En el Torneo Apertura "José Eduardo Gnecco", Junior termina líder del grupo B con 19 puntos (1 más que el segundo América de Cali), clasificando a la Serie Extra y al Octagonal Final. En la Serie Extra, Junior enfrenta a Medellín. Junior empata los dos partidos pero gana la bonificación de 1 punto debido a que logró un punto más en el Torneo "José Eduardo Gnecco". En el Torneo Finalización "Edmer Tamayo Marín", Junior termina décimo con 26 puntos. En el Octagonal Final, termina cuarto con 16 puntos.28
En 1987, en el Torneo Apertura "Héctor Mesa Gómez", Junior queda segundo del grupo B con 18 puntos (1 menos que el líder América de Cali) clasificando a la Serie Extra y al Octagonal Final. En la Serie Extra, Junior enfrenta a Atlético Nacional ganado un partido y perdiendo otro, obteniendo Junior una bonificación de 0,25 puntos. En el Torneo Finalización "Carlos Arturo Mejía", Junior terminó octavo con 28 puntos. En el Octagonal Final, Junior termina quinto con 16,25 puntos.29 A final de año se marcha del equipo Didí Alex Valderrama.
En 1988 llega al equipo Iván René Valenciano. En el Pentagonal del Torneo Apertura, Junior quedó en el grupo C junto a Atlético Nacional, Sporting de Barranquilla, Unión Magdalena y Medellín. Junior terminó cuarto con 6 puntos. En los Triangulares, Junior quedó ubicado en el grupo D junto a Deportes Quindío y Atlético Bucaramanga. Junior terminó segundo con 4 puntos, dos menos que el líder Deportes Quindío. Por estos resultados Junior recibe 0,25 puntos de bonificación. En el Torneo Nacional, Junior queda cuarto con 33 puntos. En el Octagonal Final, Junior queda quinto con 14,25 puntos.30
En 1989 llega el delantero Miguel "Niche" Guerrero.