1966-1969
En 1966 Junior vuelve a la primera división después de 13 años de problemas económicos. En este primer torneo después de 13 años de ausencia, Junior termina octavo del torneo con 53 puntos.8
En 1967, Junior contrata a tres míticos jugadores brasileños: Garrincha, Dida y Quarentinha. Al final del torneo Junior termina quinto con 59 puntos.9 Garrincha solo jugó un partido contra Santa Fe. Ese mismo año salen del equipo las tres estrellas brasileñas contratadas a principio de año.
En 1968 vuelve el mítico arquero colombiano Efraín "El Caimán" Sánchez. Desde ese año el torneo se dividió en Apertura y Finalización. En el Torneo Apertura Junior termina cuarto con 35 puntos. En el Torneo Finalización Junior termina tercero con 35 puntos. Junior, con estas dos campañas se clasifica a pelear por el tercer lugar anual contra Millonarios. Pierde en la lucha por el tercer lugar anual al empatar un partido y perder el otro.10 A final de año sale del equipo el mítico arquero Efraín "El Caimán" Sánchez.
En 1969, Junior contrata al único jugador que ha logrado hacer un gol olímpico en un mundial de fútbol: Marcos Coll (logro hecho en el Mundial Chile 1962). En el Torneo Apertura termina quinto con 28 puntos. En el Torneo Finalización termina sexto con 29 puntos