2000-2009
En el año 2000 llegan al equipo Emerson "El Piojo" Acuña y Martín "El Toro" Arzuaga. Ese año Junior enfrenta en su séptima participación en la Copa Libertadores, al Cerro Porteño de Paraguay, al San Lorenzo de Argentina y Universitario de Perú en la primera fase. Junior termina líder del grupo con 12 puntos. En los Octavos de Final, se enfrenta al Atlas de México. Pierde 2-0 en Guadalajara y 3-1 en Barranquilla, quedando eliminado del certamen.
En el Torneo Apertura, Junior termina sexto con 32 puntos. En el Finalización, Junior termina tercero con 38 puntos. En la Reclasificación, Junior termina tercero con 70 puntos, clasificando a la Final donde enfrentaría a América de Cali, Independiente Santa Fe y Deportes Tolima. Junior termina segundo con 9 puntos (1 menos que el campeón América de Cali).[43] Junior así obtenía su cuarto subcampeonato y su octava clasificación a Copa Libertadores.
En el 2001 llega al equipo René Higuita. Junior participa en su octava Copa Libertadores, enfrentando en el grupo 1 a los equipos Rosario Central de Argentina, Vélez Sársfield de Argentina, y Universitariode Deportes de Perú. Termina segundo en el grupo por detrás de Rosario Central. En los Octavos de Final, enfrenta al Boca Juniors de Argentina perdiendo en un gran partido 2-3 cuando ganaba 2-1 y en Argentina empata 1-1, quedando eliminado con un resultado global de 4-3. En el Torneo Apertura, Junior terminó octavo con 31 puntos. En el Torneo Finalización, Junior quedó 12 con 25 puntos. En la Reclasificación, Junior terminó 11 con 56 puntos.[44] Junior queda eliminado del torneo. Al terminar el año René Higuita sale del equipo.
En 2002 llega al equipo el entonces juvenil Macnelly Torres. En el Torneo Apertura, Junior termina 12 con 26 puntos quedando eliminado del torneo. En el Torneo Finalización, Junior queda 17 con 21 puntos quedando eliminado del torneo.[45]
En el Torneo Apertura 2003, Junior termina sexto con 28 puntos clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior quedó en el grupo B junto a Deportivo Pereira, Millonarios y Centauros de Villavicencio. Junior terminó líder del grupo B con 12 puntos (3 más que Deportivo Pereira) clasificando a la Final, donde enfrentaría a Once Caldas. En el partido de Barranquilla el resultado fue 0-0. En el partido de Manizales, Once Caldas vence a Junior 1-0. Junior así obtenía su quinto subtitulo. En el Torneo Finalización, Junior termina octavo con 25 puntos (9 menos que el líder Deportivo Cali) clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. En los cuadrangulares, Junior queda ubicado en el grupo B junto a Tolima, Nacional y Medellín. Junior termina segundo por detrás de Tolima con los mismos puntos (10) pero al haber quedado peor ubicado en la serie todos contra todos, Junior queda eliminado.[46] Junior clasifica a su primera Copa Sudamericana.
En el 2004 llega al equipo Omar Sebastián Pérez quien comanda al equipo hacia el quinto campeonato de la Primera A, teniendo como técnico a Miguel Ángel "El Zurdo" López. Además, ese mismo año participa en su primera Copa Sudamericana. En la eliminatoria colombiana jugó contra Millonarios de Bogotá, perdiendo el primer partido 1-0 en Bogotá D. C. y ganando 2-0 en Barranquilla logrando un resultado global de 2-1. En los octavos de final se enfrenta al ganador de la eliminatoria peruana: Alianza Atlético de Sullana. Junior vence de nuevo en los dos partidos 2-0 en Sullana y 4-1 en Barranquilla para un resultado global de 6-1. Junior clasifica a los Cuartos de Final para enfrentar a Internacional de Brasil. Junior pierde 1-0 en Porto Alegre y empata 1-1 en Barranquilla.
En el Torneo Apertura 2004, Junior termina quinto con 30 puntos, clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. En los cuadrangulares, Junior queda ubicado en el grupo A junto a Nacional, América y Pasto. Junior termina último con 6 puntos. En el Torneo Finalización, Junior clasifica a los cuadrangulares semifinales, octavo con 28 puntos. Queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Independiente Medellín y Atlético Bucaramanga, clasificando a la final con 13 puntos (5 más que el Deportivo Cali). En la Final, Junior enfrenta a Atlético Nacional. En el partido de Barranquilla, Junior vence 3-0. En el partido de Medellín, Nacional vence a Junior 5-2, quedando un resultado global de 5-5 y obligando a la serie de penales en donde Junior vence 5-4. Junior así obtenía su quinto título nacional y su novena clasificación a Copa Libertadores.[47] También Junior fue campeón del torneo amistoso Copa Cotton USA, realizada en Medellín como homenaje a los 10 años de la muerte de Andrés Escobar.
En el 2005 participa en su novena Copa Libertadores. En la fase preliminar enfrenta a Oriente Petrolero de Bolivia, ganando con un resultado global de 5-2. Luego integró el grupo 5 enfrentándose a clubes como River Plate de Argentina, Nacional de Uruguay y Olmedo de Ecuador. Quedó segundo del grupo detrás de River Plate, clasificando a los Octavos de Final, donde enfrenta a Boca Juniors de Argentina. En esta serie, el partido de Barranquilla terminó 3-3 y el de Buenos Aires terminó 4-0, quedando eliminados de la competición.
En el Torneo Apertura, Junior termina décimo con 25 puntos. Al acabar este torneo sale del equipo Omar Sebastián Pérez. En el Torneo Finalización, Junior terminó quinto con 29 puntos, clasificando a los cuadrangulares semifinales. En esa instancia, queda en el grupo A junto a Deportivo Cali, Once Caldas y América, terminando segundo con 10 puntos (1 menos que el líder Deportivo Cali) quedando eliminado del torneo.[48] Al final del año salieron del equipo, Martín Arzuaga y Macnelly Torres.

Para el Torneo Apertura 2006 vuelve al equipo Víctor Danilo Pacheco. En ese certamen, Junior termina 16°, haciendo una de sus peores campañas de la historia con 17 puntos, quedando eliminado del torneo. Para el Torneo Finalización vuelve Omar Sebastián Pérez e Iván René Valenciano y se va Víctor Danilo Pacheco. Junior termina 15 con 17 puntos, quedando eliminado del torneo.[49] A final de año salen Hayder Palacio e Iván René Valenciano.
Para el Torneo Apertura de 2007 llegó al equipo Teófilo Gutiérrez y Gabriel Fernández. En este torneo, Junior termina 11 con 23 puntos, quedando eliminado del certamen. A mitad de año se van Gabriel Fernández y Omar Sebastián Pérez. Para el Torneo Finalización llega Carlos Valderrama como director deportivo del equipo, Junior termina 13 con 18 puntos, quedando eliminado del certamen.[50]
A principios de 2008 Junior se vio amenazado por el descenso por lo que contrató a Giovanni Hernández y trajo de vuelta a Hayder Palacio para el Torneo Apertura. En este torneo, Junior termina 12 con 24 puntos, quedando eliminado. Martín Arzuaga volvió al equipo para el segundo semestre. En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 31 puntos (dos menos que el líder Deportes Tolima) clasificando a los cuadrangulares semifinales después de dos años y medio. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior quedó en el grupo B junto a América, Pereira y Deportivo Cali, terminando tercero con 7 puntos y quedando eliminado del torneo.[51] A final de año Martín Arzuaga sale del equipo.
Para el Torneo Apertura 2009 llegan Ricardo Ciciliano y Adrián Berbia. En este torneo, Junior termina segundo con 31 puntos (1 menos que el líder Deportes Tolima), clasificando a los cuadrangulares semifinales donde queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Envigado F. C. y Cúcuta Deportivo, terminando líder con 9 puntos (los mismos que el Deportivo Cali que se vio perjudicado al quedar Junior en mejor posición en la fase Todos contra Todos) clasificando a la final. En la final, Junior enfrenta a Once Caldas). Junior pierde los dos partidos 2-1 en Manizales y 1-3 en Barranquilla. Así, Junior conseguiría su sexto subcampeonato. Teófilo Gutiérrez es goleador con 16 goles.
Para el Torneo Finalización, Junior contrata a Freddy "Totono" Grisales. Junior termina sexto con 27 puntos (11 menos que el líder Independiente Medellín, clasificando a los cuadrangulares semifinales, donde después del sorteo queda ubicado en el grupo A junto a Independiente Medellín, Deportivo Pereira y Real Cartagena. Junior termina segundo con 9 puntos, 5 menos que el líder Independiente Medellín, quedando eliminado del torneo. Sin embargo, Junior consigue el tercer cupo colombiano a la Copa Libertadores al ser el equipo que más puntos logró en el año (76) superando por dos puntos al Deportes Tolima. A pesar de haber logrado la clasificacion a Copa Libertadores como equipo con mas puntos cosechados durante 2009, el tecnico Julio Comesaña es despedido, siendo sustituido por Diego Edison Umaña.